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最近开发的敏感、特异、非培养方法的用于识别微生物的工具的应用正在改变微生物生态学的概念，包括与我们自身以及与健康和疾病状态相关的大量复杂微生物种群之间的关系。尽管大多数最初的工作集中于胃肠道微生物群落和胃肠疾病的关系,但目前兴趣已经扩大到包括研究哮喘及其表型与气道微生物的关系，胃肠道微生物之间的关系,免疫功能的开发、过敏和哮喘倾向的研究。在此，我们提供了关于哮喘患者和健康受试者之间气道微生物组差异研究，以及环境微生物组、肠道微生物组、免疫功能和哮喘进展之间的关系的研究。此外，我们提供了有关这些发现建议如何建立涉及直接操作肠道和气道微生物组来治疗和预防过敏性哮喘的广泛的基本原理。

PRACTALL是由美国过敏、哮喘与免疫学会(American Academy of Allergy, Asthma & Immunology)和欧洲过敏与临床免疫学会(European Academy of Allergy and Clinical Immunology)联合发起的，旨在就过敏症与免疫学领域的前沿课题提供基于证据的共同建议。PRACTALL 2017侧重于研究已证实的微生物在哮喘、特应性皮炎和食物过敏患者中的作用。通过概述有关其在变应性疾病中的作用的重要知识空白以及填补这些空白所必需的策略。此外，还将对处置微生物组的方法上的进展进行回顾，确定哪些是有效的，哪些是无效的，以及作为将来干预过敏性疾病形成、进展或两者的基础。

人体的免疫系统对摄入的无害抗原，包括食物蛋白，通常不会出现局部和全身免疫反应，这一过程被称为口服耐受。对食物蛋白的耐受性可能与胃肠道对大量共生微生物的耐受性机制密切相关。在这里，我们回顾了目前对食物耐受的免疫机制的理解，以及这些机制中出现的干扰如何促进食物耐受的丧失和食物过敏的发展。讨论了共生菌群在促进食物耐受中的作用以及肠道失调与食物过敏的关系。越来越多的证据支持皮肤对食物抗原的敏感性，认为这可能是导致耐受不能形成或耐受丧失的一种机制。对食物过敏进行免疫治疗的目标是通过一些机制诱导对食物过敏原的持续脱敏，甚至是产生真正的长期耐受性，这些机制可能在一定程度上与天然食物耐受性的形成相重叠。

肠道微生物群可能在牛奶过敏的自然病中起作用。我们试图研究早期肠道微生物群与牛奶过敏之间的关系。我们研究了226名牛奶过敏的儿童，他们在婴儿期就被纳入食物过敏观察研究组。收集3 - 16个月时的粪便样本，对患儿进行纵向随访，进行临床评估、牛奶特异性IgE水平、入组时、6个月、12个月、之后每年进行一次，直到8岁。肠道微生物组采用16s rRNA测序，微生物组分析采用微生物生态学定量研究(QIIME)、群落系统发育研究(PICRUSt)和元基因组谱统计分析(STAMP)。

① 益生菌是活着的微生物，适量使用可以给予宿主健康上的好处；② 本文描述了益生菌在气道中可能的作用机制，特别着重于它们调节上皮屏障功能的能力及其与免疫系统的相互作用模式；③ 益生菌，主要是乳酸杆菌，可以促进紧密连接和粘附连接的表达和调节，从而恢复有缺陷的上皮屏障；④ 这些益生菌通过模式识别受体(如类toll受体)与上皮屏障和免疫细胞相互作用，激活后可刺激或抑制各种免疫反应。